三国演义中诸葛亮三气周瑜的故事发生在第五十一回、第五十四回和第五十六回。

第一气：

发生在第五十一回，周瑜和诸葛亮约定，如果周瑜夺取南郡失败，刘备再去取。周瑜第一次攻击失败受伤，然后又将计就计，打败了曹兵，但诸葛亮却乘机夺取了南郡等地。

第二气：

发生在第五十四回，周瑜设计想在让孙尚香嫁给刘备的时候杀掉刘备，但被诸葛亮识破，于是“赔了夫人又折兵”。

第三气：

发生在第五十六回，周瑜主动向刘备邀请，想要讨还荆州，但被诸葛亮识破，周瑜一怒，再加上原来的旧伤，不治身亡。

因此，诸葛亮三气周瑜的故事涵盖了《三国演义》的第五十一回、第五十四回和第五十六回。