《愤怒的蝴蝶》的大结局中，林舒四处寻找黄昆仑的踪影，她顺着一只蝴蝶的指引即将找到黄昆仑时，却被一心想要得到病毒样本的阿进擒获。阿进将林舒带到大岛的秘密研究基地，而此时，黄昆仑也突然出现，并和韩伦锡联手击败了阿进。黄昆仑知道自己已无药可救，便想炸掉基地和所有资料同归于尽。而林舒则不愿意离开黄昆仑，于是决定和黄昆仑一起等待死亡的来临。

此外，剧中还揭示了董教授发现黄昆仑和林舒身上的病毒性质相反，但结构正好相对称，形状就像蝴蝶的一双翅膀。韩伦锡告诉林舒，黄昆仑之所以会跟她复婚，是因为黄昆仑想得到她身上的病毒白克特110。林舒听后伤心不已，并在黄昆仑家发现了一张飞机的订票卡，于是她连忙赶往机场，但黄昆仑已经登上了去日本的飞机。

最终，纪子没有死，黄昆仑因为林舒为他流的眼泪而得救了，因为那滴泪水就是解药。进哥、纪子的爷爷和韩伦锡来到富士山脚下，说要一起回到中国。

这些情节构成了《愤怒的蝴蝶》这部电视剧的复杂结局，充满了惊险和感动。