数码宝贝第三部结局要分开的原因主要有以下几点：

保护两个世界：

为了不让数码宝贝影响人类世界，也为了让人类不再干涉数码宝贝世界，所以选择分开。数码宝贝世界受到邪恶的威胁，而人类世界的孩子们被选中成为数码宝贝的伙伴，一旦数码世界的威胁消失，他们就需要分开，以防止两个世界的冲突。

剧情引导：

动画在剧情上一直在引导观众接受伙伴之间即将分开的现实，最终在主题曲的配合下，这种情感得到了爆发，给观众留下了深刻的印象。

现实与虚拟的区分：

数码宝贝的故事也传达了一个信息，即现实和虚拟世界是有区别的。虚拟的世界虽然美好，但迟早要面对现实。

制作组的原因：

第三部的时间最早，前两部已经完结，无法再继续下去。而且，随着孩子们的成长和变化，他们需要面对现实生活中的责任，如工作、结婚等，因此无法继续冒险。

保持作品的初心：

数码宝贝最初是为了给孩子们带来希望与欢乐，充满无限可能。编剧希望在结局中不妥协于现实，保持作品的初心，让数码宝贝成为一个充满希望与欢乐的作品。

综上所述，数码宝贝第三部结局要分开的原因是为了保护两个世界、剧情引导、现实与虚拟的区分、制作组的原因以及保持作品的初心。