是的，在《古剑奇谭》的结局中，屠苏和晴雪最终在一起了。尽管屠苏在剧情中最终因为散魂而死去，但晴雪并没有放弃，她放弃了轮回的机会，用自己的辟邪之骨复活了屠苏。然而，复活后的屠苏只有一缕残魂，需要从小孩子开始重新成长。在这个过程中，屠苏逐渐恢复了记忆，并与晴雪在桃花谷相守，最终白头偕老。

此外，虽然存在一些关于他们最终是否真正在一起的争议，但多个来源表明，在剧情的设定中，屠苏和晴雪是最终在一起的。例如，有资料显示，晴雪复活了屠苏后，他们一起在桃花谷生活了很多年，直到屠苏长大成人并恢复记忆。最终，他们在桃花树下相拥而逝。

因此，综合多个来源的信息，可以得出结论：在《古剑奇谭》的结局中，屠苏和晴雪是在一起的。