在《名侦探柯南》中，工藤新一出现的剧情主要集中在以下几个部分：

第一集：

过山车上的谋杀。

第50集：

外交官谋杀案第二部，遇到服部平次，柯南首次变回新一。

第172集至173集：

飞行密室!工藤新一的原始事件。

第205集：

危命的复活 第三种选择。

第206集：

危险生命的复活——黑衣骑士，新一出现在帝丹学园祭上，与兰一同表演。

第207集：

危险生命复活-新一回来了。

第208集：

危险生命复活的约定地点，新一对兰告白未遂。

第235集至238集：

一个叫侦探!工藤新一vs黑场海东。

第308集：

工藤新一纽约事件-事件。

第309集：

工藤新一的纽约事件——推理。

第521集至523集：

杀人犯 工藤新一，新一的真正身份和兰的眼泪。

这些集数中，新一或以新一的身份出现，或以江户川柯南的身份出现，具体情节包括与黑衣组织的对抗、解决各种案件以及与兰、服部平次等角色的互动。