哥特式教堂与罗马式教堂的主要区别体现在以下几个方面：

平面布局

罗马式教堂的平面大多呈现为由巴西利卡发展而来的拉丁十字，东端常设半圆形后殿；哥特式教堂的平面布局在此基础上变化不大，只是后殿有所扩大，横厅相对较短。

结构体系

罗马式建筑的外围主要采用墙承重，墙体非常厚实，多为内部以碎石填充的双层墙，墙面开窗很小；内部开放空间由连续的半圆拱支撑，屋顶则常见筒形拱。

哥特式教堂的主体承重结构体系实际上接近框架式，柱间的墙体几乎仅仅起到围护作用，因此可以最大限度地增加开窗面积。

拱顶形式

罗马式建筑的拱顶包括筒形拱顶和肋架拱顶，其中筒形拱顶是一种简单的拱顶类型，而肋架拱顶则更为复杂，有横跨拱顶范围内的肋架和对角线上的肋架。

哥特式建筑则采用尖形拱门和尖塔高耸，以及尖肋拱顶，营造出轻盈修长的飞天感。

窗户与采光

罗马式建筑的窗户很小而且离地面较高，采光少，里面光线昏暗，使其显示出神秘与超世的意境。

哥特式建筑则大量使用彩色玻璃窗，为教堂内部带来更多采光和神秘气氛。

装饰风格

罗马式建筑的装饰较为简单，主要使用壁画和雕塑，形象较为呆板僵化，表现出一种远离尘世的圣者气息。

哥特式建筑的装饰则更为精巧华丽，采用很多矢状卷的构造和尖塔式的装饰，追求轻盈和灵动。

代表建筑

罗马式建筑的代表包括意大利的比萨大教堂。

哥特式建筑的代表则有法国的巴黎圣母院和米兰大教堂。

总结来说，哥特式教堂与罗马式教堂在平面布局、结构体系、拱顶形式、窗户与采光、装饰风格以及代表建筑等方面均有显著的不同。哥特式教堂以其高耸、轻巧和华丽的特点，体现了中世纪欧洲建筑技术的巅峰，而罗马式教堂则以其厚重、敦实和神秘的风格，展示了早期基督教建筑的权威性和庄重感。