制药工程专业主要学习的课程包括以下几类：

基础化学课程

无机化学

有机化学

分析化学

生物化学

物理化学

药学相关课程

药理学

药剂学

药物合成反应

药物化学

制药工艺学

药用高分子材料

制药分离工程

药物分析

生物学与生物技术课程

现代分子生物学

生物技术制药

酶工程与蛋白质工程

生物分离工程

工程类课程

化工原理

制药工程与工艺

工业药剂学

组织工程

实践与实验课程

基础化学实验

制药工程专业实验

认识实习

生产实习

化工原理课程设计

制药机械课程设计

制药设备与车间课程设计

毕业设计（论文）

其他选修课程

药事管理学

药品营销

药品生产政策法规

生产环境、环保

药物计算机辅助设计

中药制药相关课程（针对中药制药方向）：

药用植物学

中药学

方剂学

中药化学

中药药剂学

中药制剂分析

中药药理学

农药制药相关课程（针对农药制药方向）：

植物学

农药学

这些课程共同构成了制药工程专业的知识体系，旨在培养学生在化学合成药物、中药生产、过程设计、工艺革新及新药研制与开发等方面的专业技能和综合素质。