黄教寺院主要学习以下内容：

显宗经典：

黄教寺院教育强调显宗的学习，包括《释量论》、《现观庄严论》、《上下对法》、《戒律本论》、《慈颂》和《人行论》等经典。

密宗经典：

黄教寺院也重视密宗的学习，学习的内容包括那若六法、声明、《时轮本续》、《大疏》等密宗法典，以及瑜伽教法为主的密法四续部中的下部密乘的教诫和灌顶等。

医学知识：

宗喀巴在学习密宗经典之前，还学习了医学知识，背诵《四部医典》，并在多个寺院巡回辩经。

寺院制度管理：

宗喀巴提出了僧人要严格持戒、不事农作、独身不娶，并加强寺院制度管理的主张。

宗教改革：

宗喀巴倡导宗教改革，强调显密并重，先显后密，并强调教理。

文化艺术：

黄教寺院在文化艺术方面也有很高的成就，如酥油花、壁画和堆绣等被誉为“塔尔寺艺术三绝”。

历史与哲学：

寺内还珍藏了许多佛教典籍和历史、文学、哲学、医药等方面的学术专著。

综上所述，黄教寺院的学习内容涵盖了显宗和密宗的经典、医学知识、寺院制度管理、宗教改革以及文化艺术等多个方面。这些学习内容旨在培养僧侣在宗教修行、学术研究和文化艺术等方面的全面能力。