三岛由纪夫的思想体系复杂而深邃，主要体现在以下几个方面：

对武士道精神的独特理解与向往

三岛由纪夫对日本传统武士道精神有着独特的理解与向往，认为剖腹是一种极致的武士道表现，是对勇气、忠诚和荣誉的证明。然而，他所处的时代已经远离了传统武士道盛行的时期，这种追求显得与时代格格不入。

对生、死、美、丑的哲学思考

三岛由纪夫的作品中表现出对人生的态度，展现出哲学深度以及对生、死、美、丑的哲学思考。他认为人的思想必定重于前世、现世或来世的某一方，无法从站在历史时点的“自己的思想”的领域超脱出来。

对自我存在性的探索

三岛由纪夫着迷于一种自我毁灭式的快感，力图从二律背反中挖掘出自我存在的证据。他认为，只有用刀子从外部剖开，让苹果的核心沐浴在同等的光亮中，才是苹果存在的最为充分的证据。

对现实与虚构的反思

三岛由纪夫在文学作品中探讨了虚构和现实的分野，让读者渐次逼近一个抱持独特创作理念和精神信念的文学家内心。

对政治和社会的批判

三岛由纪夫后期热衷于政治运动，最终以惨烈的自戕谏世，这反映了他对当时社会和政治的深刻批判。

对美的追求

三岛由纪夫的作品浸染着日本传统文学的美学观，他以民族性的方式生动且深刻地揭示了人的生命的本质，追求一种唯美主义的美学。

综上所述，三岛由纪夫的思想体系融合了传统武士道精神、哲学思考、自我存在性的探索、对现实与虚构的反思、政治和社会批判以及对美的追求，形成了一个独特而复杂的文学和思想体系。