动画版三国中孔明三气周瑜是在第五十六集中。

《三国演义》故事梗概

曹操大宴铜雀台

在这一集中，曹操在铜雀台设宴，奖励文官武将。孙权派华歆前往许都，意图挑起曹刘两家的争端。曹操将计就计，进一步加深了孙刘两家的恩怨。刘备和孔明表示，须取得益州后才能归还荆州。

周瑜虚攻西川

周瑜试图虚攻西川，以借劳军为名实取荆州，但“假途灭虢”之计被孔明识破。孔明安排四路大军等待周瑜部队的到来。周瑜因箭疮复裂，坠于马下。

《新三国》故事梗概

一气周瑜

在这一集中，周瑜第一次尝试夺取荆州，但未能成功，且身受重伤。

二气周瑜

周瑜在未能夺取荆州的情况下，又试图通过其他手段逼迫刘备归还荆州，但同样未能成功，且情绪更加急躁。

三气周瑜

在这一集中，周瑜最终因气急败坏，旧伤复发，不治身亡。

结论

综合以上信息，可以确定在动画版三国中，孔明三气周瑜的故事发生在 第五十六回。这一集详细描述了周瑜的多次尝试和最终的失败，以及孔明的智谋和周瑜的悲剧结局。