在《金刚狼3：殊死一战》中，变种人的消亡可以归因于以下几个主要原因：

自然死亡：

许多变种人由于年龄较大，缺乏抗衰老和自愈能力，因此自然会生老病死。例如，万磁王等老一辈变种人已经去世。

X教授发病：

X教授在电影中病发，导致大量无辜的人死亡，包括多名X战警。

转基因食品：

人类在食物中添加了某种物质，这种物质可以改变变种人的基因，导致他们逐渐衰弱甚至死亡。同时，这种食物也使得人类无法再生出新的变种人。

基因淘汰：

剧中提到，由于基因淘汰，一个个变种人相继死去。教授也发病杀过X人，这可能导致了更多变种人的死亡。

平行宇宙：

有观点认为，这部电影是基于平行宇宙的故事，而不是正统宇宙。在这个平行宇宙中，变种人已经灭绝。

自愿接受治疗：

有些变种人自愿接受治疗，消除自己的变种基因，这也导致了变种人数量的减少。

综合以上几点，可以得出结论：在《金刚狼3：殊死一战》中，变种人的消亡是由于自然死亡、疾病、转基因食品的影响、基因淘汰、平行宇宙的存在以及部分变种人自愿接受治疗等多种因素共同作用的结果。