夏侯瑾轩在《仙剑五前传》的最后刺了瑕一剑，是因为他意识到自己已经无法真正挽救瑕，而瑕的身体还被枯木占据着。枯木不仅是瑕的敌人，也是这一切事件的幕后黑手。瑾轩在万般无奈的情况下，选择了捡起瑕的佩剑刺向了瑕，既是为了“救”瑕，也是为了消灭这个最后的敌人。

具体来说，夏侯瑾轩在得知瑕的魂魄尚未离开之后，仍然无法改变瑕的命运，因为瑕的身体已经被枯木占据，而枯木的魂魄在瑕死后已经能够在一定程度上和枯木的魂魄抗衡。瑾轩认为，能够留下残存的魂魄应该也和枯木的缚魂术有关。在这种情况下，他选择了不顾一切地要拿回瑕的尸体，并最终一剑毁灭了瑕的身体。

此外，夏侯瑾轩对爱情非常固执和偏执，当瑕中剑跌下山崖的一瞬，她最终还是希望夏侯可以活下去，但夏侯却选择了同生共死，随她而去。他的行动足以看出他性格中的强硬、执着和对那份无邪感情的珍视。

因此，夏侯瑾轩刺瑕一剑，既是因为他无法挽救瑕，也是为了消灭枯木这个敌人，展现了他对爱情的执着和对瑕的深情。