《名侦探柯南》的主线集数主要包括以下几个部分：

工藤新一的名侦探之路

第1集：琴酒给工藤新一灌下药物变小。

第2集：变小的工藤新一求助阿笠博士，化名江户川柯南住进毛利侦探所。

第3集：柯南转入帝丹小学，首次替小五郎解决案件。

第4集：柯南、光彦、步美、元太组成少年侦探团。

第5集：柯南再次在新干线遇到琴酒和伏特加，窃听得知代号。

第6集：铃木园子首次登场。

第7集：小兰首次怀疑柯南身份。

世良姐妹一家9口人的搬迁之旅

第24集至第26集。

警校五人组的牺牲故事

第20集至第22集。

黑衣组织的秘密计划及红方的卧底行动

第42集至第50集。

第72集至第78集。

第100集至第105集。

第124集至第126集。

第136集至第138集。

第156集至第157集。

第220集至第224集。

第230集至第234集。

第247集至第249集。

第269集至第270集。

第304集至第306集。

第326集至第335集。

第341集至第343集。

第352集至第354集。

第363集至第364集。

第374集至第376集。

第400集至第402集。

第414集至第416集。

第425集至第427集。

第435集至第437集。

第452集至第454集。

第463集至第465集。

第472集至第474集。

第484集至第486集。

第506集至第508集。

第530集至第532集。

第542集至第544集。

第554集至第556集。

第568集至第570集。

第582集至第584集。

第626集至第628集。

第636集至第638集。

第653集至第655集。

第668集至第670集。

第684集至第686集。

第704集至第706集。

第712集至第714集。

第729集至第731集。

第741集至第743集。

第751集至第753集。

第763集至第765集。

第771集至第773集。

第787集至第789集。

第801集至第803集。

第812集至第814集。

第820集至第822集。

第840集至第842集。

第858集至第860集[2