三国时期，诸葛亮三兄弟的命运均非常坎坷，最终都遭遇了不幸的结局。以下是他们被灭门的主要原因：

诸葛瞻和诸葛尚

诸葛瞻是诸葛亮的儿子，在蜀汉后期，他奉命抵御曹魏名将邓艾。在绵竹之战中，诸葛瞻与其子诸葛尚一同战死，诸葛瞻一脉因此被灭门。

诸葛瑾

诸葛瑾是诸葛亮的兄长，他在东吴地位显赫，深受孙权器重。然而，他的儿子诸葛恪因权势过大，被孙亮设计斩杀，随后吴主孙峻担心诸葛家作乱，下令夷灭诸葛恪三族。

诸葛诞

诸葛诞是诸葛亮的族弟，他原本在曹魏任职，但后来起兵造反。最终，诸葛诞兵败身亡，其三族也遭到灭门。

总结

诸葛亮三兄弟被灭门的主要原因可以归结为以下几点：

战争与内乱：三国时期战乱频繁，诸葛瞻、诸葛尚和诸葛诞均因战争而牺牲，诸葛家因此遭受重创。

政治斗争：诸葛恪因权势过大，被东吴皇帝孙亮设计斩杀，随后吴主孙峻为了消除潜在的威胁，下令夷灭诸葛恪三族。

思想理念冲突：诸葛家的思想理念与当时的社会环境不完全兼容，导致他们无法得到社会的尊崇和支持，最终走向衰落。

这些因素共同作用，使得诸葛亮三兄弟及其家族在三国时期遭遇了悲惨的命运。